焦亞硫酸鈉具有化糞池處理功能，化糞池處理為國人作前處理糞尿廢水的主要方法，化糞池主要由腐化槽，過濾槽及立體式或平面式氧化槽組成，焦亞硫酸鈉腐化槽主要之處理作用為沉淀與厭氧作用，糞尿經沖水進入槽內，固體物質沉淀或浮升藉厭氧 細菌或好氧細菌予以分解，焦亞硫酸鈉經由濾槽后之污水，經散水裝置流入氧化槽，由槽中好氧性微生物分解污水中的有機物。

　　因此解決家庭焦亞硫酸鈉污水的污染，只有杜絕其排入水體興建衛生下水道系統，將污水收集到污水處理廠處理達到排放尺度后再予以放流，使其不再污染水體，并徹底解決都市環境衛生。

　　家庭污水之處理正當地區一般家庭采用沖刷式廁所，糞尿經沖刷后流入化糞池處理，惟化糞池構造簡陋，處理效果低，通常焦亞硫酸鈉對于BOD5去除率不及50%，效果不佳。

　　焦亞硫酸鈉對家庭的生活污水處理，污水可以直接用物理或化學處理，以獲得良好的處理水質或利用特別的生物處理設備，以焦亞硫酸鈉去除一般未能去除之不純物。焦亞硫酸鈉處理法一般有離子交換法，折點加濾法以去除氨氮、生物處理脫氮法，亞硫酸鈉逆滲透滲出法、活性碳吸附等。

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