焦亞硫酸鈉具有無毒，不致病，無致毒性，對植物的生長和遺傳無影響;菌凈化工程排放水對動植物無不利影響，工業應用菌衛生、管理方便;焦亞硫酸鈉凈化重金屬廢水工程中應用菌安全，從而消除了人們對菌工業應用是否會帶來新危害的疑慮。
焦亞硫酸鈉復合功能菌的安全性,焦亞硫酸鈉如酵母細胞壁的葡聚糖、甘露聚糖、蛋白質N一乙酰糖胺等成分均可作絮凝劑;經過堿水解產生脫乙酰幾丁質，聚合硫酸鐵殼聚糖含有活性氨基和羥基、對帶電荷的金屬離子具有極強的絮凝能力。另外焦亞硫酸鈉生物菌體分泌到細胞外的代謝產物也可對金屬廢水產生很好的絮凝作用。焦亞硫酸鈉有電鍍、熱鍍廢水需要處理的單位，也可以到污水寶項目服務平臺咨詢具備類似污水處理經驗的企業。
一般在我國，焦亞硫酸鈉應用于環境保護。據微生物殺蟲劑、焦亞硫酸鈉微生物飼料和生物制劑的安全性等有關資料，首次將毒理學、微生物學、免疫學、病理學、血液學和流行病學科的理論與電鏡技術結合，創造性地研究了復合菌的安全性。為生物化學的發展又上升了一個階段。
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